Os arquivos com extensão .mkv são video, audio e legenda empacotados no formato matroska.
Para transformar em AVI, primeiro usar o mkvinfo para obter informações sobre as trilhas (tracks) e depois extrair as trilhas desejadas com o mkvextract.
Corrigir o formato do audio e empacotar novamente usando o mencoder.
mkvinfo filme.mkv mkvextract tracks filme.mkv 1:filme.avi 2:audio.aac 3:legenda.srt faad -d audio.aac lame audio.wav mencoder -audiofile audio.wav.mp3 -oac mp3lame -ovc copy filme.avi -o filme_completo.avi
Referencia: Digital Content
Uma forma mais fácil de fazer utilizando ferramentas GUI é utilizar o DeVeDe.
Escolha Divx/MPEG-4, adicione o arquivo mkv e escolha o canal de som desejado. Ajuste o tamanho para 700MB e clique em “Avançar”, escolha o diretorio para gravação e pronto. Apos algum tempo voce terá o arquivo convertido para AVI.